Dinas Perikanan Kabupaten Bolaang Mongondow Timur merupakan unsur pelaksana kebijakan bidang Perikanan, dipimpin oleh Kepala Dinas yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dasar Pembentukan Dinas Perikanan Kabupaten Bolaang Mongondow Timur mengacu pada Peraturan Daerah Kabupaten Bolaang Mongondow Timur Nomor 05 Tahun 2O07 tentang Perubahan atas Peraturan Daerah Kabupaten Bolaang Mongondow Timur Nomor 10 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah..

1. Dinas Perikanan dipimpin oleh Kepala Dinas
2. Kepala Dinas sebagaimana dimaksud pada poin (1) membawahi :

• Sekretaris Dinas;
• Bidang Pemberdayaan Nelayan Kecil;
• Bidang Pengelolaan Usaha Kecil Pembudidayaan Ikan;
• Bidang Perizinan, Sarana Prasarana Perikanan dan Pengelolaan TPI;
• Bidang Pengelolaan dan Pembudidayaan Ikan.

       3. Sekretaris Dinas, membawahi:

• Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
• Kelompok Jabatan Fungsional.  

4. Bidang Pemberdayaan Nelayan Kecil, dipimpin oleh Kepala Bidang dan membawahi Kelompok Jabatan Fungsional;
5. Bidang Pengelolaan Usaha Kecil Pembudidayaan Ikan, dipimpin oleh Kepala Bidang dan membawahi Kelompok Jabatan Fungsional;
6. Bidang Perizinan, Sarana Prasarana Perikanan dan Pengelolaan TPI, dipimpin oleh Kepala Bidang dan membawahi Kelompok Jabatan Fungsional;
7. Bidang Pengelolaan dan Pembudidayaan Ikan, dipimpin oleh Kepala Bidang dan membawahi Kelompok Jabatan Fungsional;
8. Unit Pelaksana Teknis Daerah; dan
9. Kelompok Jabatan Fungsional.